Las incapacidades que superan los 180 días tienen un tratamiento especial, ya que no siempre es claro qué entidad debe asumir el pago. Esto depende del origen de la incapacidad:

• Origen común: enfermedades o accidentes no relacionados con la actividad laboral.
• Origen laboral: condiciones médicas directamente relacionadas con el cargo del trabajador.

En estos casos:

• La EPS debe pagar las incapacidades de origen común desde el tercer día hasta el día 180.
• A partir del día 181 hasta el 540, el pago lo asume el fondo de pensiones, según el artículo 41 de la Ley 100 de 1993.

Para que el fondo de pensiones cubra las incapacidades mayores a 180 días, la EPS debe emitir un concepto favorable de rehabilitación. Si no lo hace, la EPS sigue siendo responsable del pago hasta que emita dicho concepto, tal como lo establece el inciso 6 del artículo 41 de la Ley 100.

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